GenNext^®RamDA-seq™ Single Cell Kit

可使用单细胞，微量RNA合成cDNA  产品资料

本试剂盒采用了RT-RamDA^TM  (Reverse Transcription with Random Displacement Amplification)法。RT-RamDA^TM  法是利用了逆转录酶链置换活性的新cDNA扩增法，不仅能检测poly(A) RNA来源的cDNA，也可高灵敏度地检测出non-poly(A)提取cDNA。因此RT-RamDA^TM法的特征是相比原来的方法能够检测到更多的基因。

GenNext^Ⓡ RamDA-seq^TM Single Cell Kit (RMD-101, RMD-101T)  是可使用单细胞和微量RNA制备出NGS分析用cDNA的试剂盒。使用本试剂盒，可以获得全长total RNA-seq用的cDNA。(用于文库制备，除本产品外，还需要磁珠Agencourt AMPure XP试剂 (Beckman Coulter) 以及文库制备试剂Nextera XT DNA Sample Preparation Kit (illumina))。

RT-RamDA^TM cDNA Synthesis Kit (RMD-201, RMD-201T)是可使用单细胞和微量RNA制备出Realtime PCR分析用cDNA的试剂盒。本试剂盒制备的cDNA，可以高灵敏度地进行基因表达分析。

●可使用单细胞和微量RNA

可以使用1~100细胞或者10pg~1ng total RNA制备cDNA。

●可以获得全长cDNA

本试剂盒可以从10kb以上目标RNA开始制备cDNA，而常规方法只使用Oligo-dT primer， 难以实现。并且使用本试剂盒还可以测得RNA全长reads。

●除了poly(A) RNA外，还能检测出non-poly(A) RNA

在Oligo-dT primer基础上 ，使用NSR(Not so random primer)。可以检测出用常规方法无法检测的non-poly(A) RNA。

●可检测到更多的基因

可以检测出包含组蛋白RNA、lncRNA、pre-mRNA、circRNA等各种RNA。

RamDA-seq^TM是由理化学研究所生命机能科学研究中心生物信息学研究开发小组开发的1细胞全长total RNA测序法「Random Displacement Amplification Sequencing」的简称。

以现有的1细胞RNA解析法，因为只使用Oligo-dT primer逆转录，无法逆转录non-poly(A) RNA，并且中途cDNA合成停止时，要检测出全长就比较困难。另外，RamDA-seq^TM法因使用random primer或者NSR primer*，所以可对poly(A)以外的序列进行逆转录，能检测non-poly(A) RNA。另外，因为该primer在RNA各个位置结合，启动cDNA的合成，所以可以测得RNA全长reads。

此外，RamDA-seq^TM法在cDNA合成的同时扩增，无需像原来方法中那样添加接头或进行PCR，可抑制因扩增引起的偏差。

* NSR primer是Not so random primer的简称，是指在计算中将与18S, 28S RNA基因完全匹配的排列排除后的random primer。通过用NSR primer代替Random primer ，可抑制rRNA来源的cDNA合成。

<实验例1>cDNA扩增效率的验证

<实验例2>输入RNA量的验证

<实验例3>覆盖范围均一性的验证

<实验例4>由长链RNA制备cDNA的比较

<实验例5>检测基因数的比较及不同RNA种类Read数的验证

<实验例6>使用Random Primer以及NSR Primer时rRNA混入率的比较

<实验例7>由微量RNA制备cDNA