Realtime PCR 用cDNA的合成
SuperPrep® II Cell Lysis & RT Kit for qPCR[Code No. SCQ-401]是通过荧光定量PCR进行基因表达分析用的、由细胞裂解试剂(Lysis Reagents)和逆转录反应试剂(RT Reagents)组成的试剂盒。使用本产品,可以从用96孔板等培养的细胞开始,简便地制备含有能用作逆转录模板的RNA的细胞裂解物。而且,本试剂盒中含有的逆转录反应试剂,针对于从该细胞裂解物开始的逆转录反应进行了优化。
以前的SCQ-101, 在Lysis Solution处理后,必需要添加Stop Solution。SuperPrep® II 中,Lysis Solution处理后,可直接进行cDNA合成步骤。另外,可以使用更多种哺乳类细胞进行高灵敏度地检测。使用本试剂盒,可以简便、迅速地从培养细胞开始合成荧光定量PCR用的模板cDNA。
SuperPrep®ⅡCell Lysis Kit for qPCR [Code No. SCQ-501]是单独销售的细胞裂解试剂(Lysis Reagents)。可以使用本公司的RNA-direct™ Realtime PCR Master Mix (Code No. QRT-101, QRT-201) ,THUNDERBIRD® Probe One-step qRT-PCR Kit (Code No. QRZ-101) 等1-step法Realtime PCR试剂进行分析(简易测定)。
●无需纯化RNA
可简便地从培养细胞开始制备能用作逆转录反应模板的含有RNA的细胞裂解液。以Lysis Solution 处理的裂解液为模板,可直接进行逆转录反应,所以可大幅度缩短分析时间。
●从裂解液合成高品质的cDNA
通过优化的buffer组成,有效地抑制了因RNase等的细胞成分引起的RNA的降解(制备的裂解物中的RNA可在冰上稳定保持6小时)。另外,因为用gDNA Remover (DNase I)处理后再进行cDNA的合成,所以可以合成基因组DNA污染少的高质量的cDNA。逆转录试剂是用本公司的高效率逆转录酶「ReverTra Ace®」进一步优化后的Master Mix,可简便、高效率地合成cDNA。合成的cDNA可长期保存。
※Master Mix中Random 引物和Oligo dT引物按最适比例进行了混合。
●可用于多种类型的哺乳类细胞
SuperPrep® II 在提高了细胞裂解性能的同时,也降低了RNase 的影响。与以前的SCQ-101相比,可使用更多种类的细胞进行分析。已确认下表中的代表性细胞可适用于本品。
细胞名称 贴壁/悬浮 种类 细胞 来源
1 | HPA | 贴壁 | H.sapiens | preadipocytes (primary cell) | 前体脂肪细胞 |
2 | HEK | 贴壁 | H.sapiens | epidermal keratinocytes (primary cell) | 表皮角质细胞 |
3 | HA | 贴壁 | H.sapiens | astrocytes (primary cell) | 星形胶质细胞 |
4 | HDF | 贴壁 | H.sapiens | dermal fibroblasts (primary cell) | 皮肤纤维芽细胞 |
5 | HFLS | 贴壁 | H.sapiens | fibroblast-like synoviocytes (primary cell) | 成纤维样滑膜细胞 |
6 | HBEpC | 贴壁 | H.sapiens | bronchial epithelial cells (primary cell) | 支气管上皮细胞 |
7 | HUVEC | 贴壁 | H.sapiens | umbilical vein endothelial cells (primary cell) | 脐静脉内皮细胞 |
8 | HPAEC | 贴壁 | H.sapiens | pulmonary artery endothelial cells (primary cell) | 脐动脉内皮细胞 |
9 | HC | 贴壁 | H.sapiens | chondrocytes (primary cell) | 软骨细胞 |
10 | HOb | 贴壁 | H.sapiens | osteoblasts (primary cell) | 成骨细胞 |
11 | HSkMC | 贴壁 | H.sapiens | skeletal muscle cells (primary cell) | 骨骼肌细胞 |
12 | HAOSMC | 贴壁 | H.sapiens | aortic smooth muscle cells (primary cell) | 主动脉平滑肌细胞 |
13 | HFDPC | 贴壁 | H.sapiens | hair follicle dermal papilla Cells (primary cell) | 人毛乳头细胞 |
14 | HMSC | 贴壁 | H.sapiens | marrow stromal cell (primary cell) | 骨髓间质细胞 |
15 | A431 | 贴壁 | H.sapiens | epidermoid carcinoma cell line | 表皮癌细胞系 |
16 | HeLa S3 | 贴壁 | H.sapiens | cervix carcinoma cell line | 宫颈癌细胞系 |
17 | HepG2 | 贴壁 | H.sapiens | hepatocellular carcinoma cell line | 肝癌细胞系 |
18 | C2C12 | 贴壁 | M. musculus | myoblast cell line | 成肌细胞 |
19 | NIH-3T3 | 贴壁 | M. musculus | embryo fibroblast cell line | 胚胎纤维母细胞 |
20 | MDCK | 贴壁 | C. familiaris | kidney cell line | 肾脏细胞 |
21 | CHO-K1 | 贴壁 | C. griseus | ovary cell line | 卵巢细胞系 |
22 | Jurkat | 悬浮 | H.sapiens | T lymphocyte cell line | T淋巴细胞系 |
23 | K562 | 悬浮 | H.sapiens | myelogenous leukemia cell line | 粒细胞白血病细胞系 |
24 | THP-1 | 悬浮 | H.sapiens | acute monocytic leukemia cell line | 急性单核细胞白血病细胞系 |
25 | U937 | 悬浮 | H.sapiens | leukemic monocyte lymphoma cell line | 单核细胞白血病淋巴瘤细胞系 |
26 | HMNC | 悬浮 | H.sapiens | mononuclar cells (primary cell) | 单核细胞 |
●降低了高通量分析时的误差
按照本操作步骤,移液分管及稀释操作步骤减少,降低了高通量分析时的误差。另外,细胞裂解时无需用移液枪头上下吹打混匀,而且同时可进行gDNA Remover处理,提高了操作性。无需添加反应终止液及引起RNA不稳定的加热操作。
●可以与各种荧光定量PCR试剂组合使用
可以与各种各样的荧光定量PCR试剂(SYBR® Green I, TaqMan® assay两种都可以)组合使用。
另外,与本公司的THUNDERBIRD® Probe qPCR Mix(Code No. QPS-101 、KOD SYBR® qPCR Mix (Code No. QKD-201)等组合使用,已确认可以从培养细胞开始简便且高度准确的进行基因表达分析。而且,与本公司的RNA-direct™ Realtime PCR Master Mix (Code: QRT-101, QRT-201)等的1-step荧光定量PCR试剂组合使用, 可进行简易的分析。
1. 纯化RNA与细胞裂解液的Ct值相关性的检验
使用SuperPrep® II Cell Lysis & RT Kit for qPCR (Code No. SCQ-401),从 2.5x104 个H UVEC (人脐带静脉内皮细胞)细胞开始合成cDNA(40μl 反应体系)。另外,从HUVEC 细胞抽提的Total RNA66.6ng 开始,使用ReverTra Ace® qPCR RT Master Mix (Code No. FSQ-201) 进行cDNA的合成(40μl 反应体系)。分别以各自的cDNA 为模板,使用THUNDERBIRD® SYBR® qPCR Mix (Code No. QPS-201)对15种House Keeping Gene 进行荧光定量PCR。
结果显示,这次分析的15种基因, 纯化RNA与使用细胞裂解物分析得到的结果具有良好的相关性。
2. 细胞裂解液在冰上稳定性的确认
使用SuperPrep® II Cell Lysis & RT Kit for qPCR (Code No. SCQ-401),将4x104 个HeLa S3 细胞制备成细胞裂解液,转移到冰上,0 ~ 6小时后,取样细胞裂解液,立即进行cDNA 的合成。同样方法,本公司原来的产品(SuperPrep®) 及A公司的试剂制备细胞裂解液,同样时间点取样,进行cDNA合成。以该cDNA为模板,使用THUNDERBIRD® Probe qPCR Mix (Code No. QPS-101) 进行荧光定量PCR对GAPDH基因的表达进行分析。
结果显示,可以确认HeLa S3 细胞在冰上放置6 小时,Ct值也不会有显著延迟。
3.悬浮细胞的96孔板分析及基因表达分析的实验例
【SCQ-401】
(Lysis Reagents)
Lysis Solution 6.5ml×1支
gDNA Remover 33μl×1支
RNase Inhibitor 110μl×1支
(RT Reagents)
5×RT Master Mix 860μl×1支
5×RT Mastre Mix no-RT control
86μl×1支
Nuclease free Water 1,700μl×2支
【SCQ-501】
Lysis Solution 6.5ml×1支
gDNA Remover 33μl×1支
RNase Inhibitor 110μl×1支
按以下比例(1个反应)向Lysis Solution中添加
RNase Inhibitor 和 gDNA Remover
Lysis Solution 58.7μl
RNase Inhibotor 1μl
gDNA Remover 0.3μl
↓
向含有细胞的各孔中添加Lysis Solution
(含有RNase Inhibitor 及 gDNA Remover)
60μl
↓
振荡30sec.后,室温温育4min.30sec.
↓
冰上
<逆转录(rt)反应>
按以以比例(1个反应)在冰上制备RT Master Mix
5x RT Master Mix 8μl
Nuclease-free Water 24μl
↓
每孔32μl分装
↓
添加裂解液8μl
↓
37℃,15min.
50℃, 5min.
98℃, 5min.